40 participantes, entre biólogos y genetistas ubicados en diferentes esquinas del mundo y conectados en línea durante una hora, participaron en el webinar organizado por CyVerse (llamado iPlant hasta enero de 2016) para conocer más entre todos acerca del software NGSEP. Un software de código abierto que sigue dando ganancias en todos los sentidos, sobre todo en visibilidad, credibilidad y como punto de encuentro para una comunidad de práctica.

NGSEP fue desarrollado por el equipo de bioinformática del CIAT y permite a los investigadores superar grandes obstáculos en el procesamiento de enormes volúmenes de datos genómicos, con poco o ningún apoyo técnico de expertos en bioinformática. La principal funcionalidad que lo hace tan atractivo para los investigadores es su detector de variantes que les permite desarrollar de manera fácil e integrada descubrimiento y genotipado de diferentes tipos de variantes genómicas, incluyendo las de un nucleótido (SNP, por sus siglas en inglés), inserciones, borrados y regiones genómicas con variación de número de copias (CNV, por sus siglas en inglés).

Este foro virtual, liderado por Martha Narro de CyVerse y por Jorge Duitama y Juan Fernando De la Hoz, del grupo de bioinfomática del CIAT, es fruto de la alianza que desde 2015 viene facilitándose entre el Centro y CyVerse para incluir y promover la aplicación del software NGSEP en diferentes disciplinas.

iPlant, ahora rebautizado como CyVerse, fue establecido en 2008 por la Fundación Nacional de Ciencias (NSF) de Estados Unidos en principio para desarrollar una ciber estructura para la investigación de las ciencias de la vida y democratizar en Estados Unidos el acceso a las capacidades de supercomputación.

Sin embargo, la ciber estructura de CyVerse ha sido ampliamente acogida y funciona muy bien con datos de plantas, animales y microbios. Mediante la democratización del acceso a las capacidades de supercomputación, CyVerse provee recursos cruciales, entre ellos NGSEP, para hacer posible que los investigadores encuentren soluciones para el futuro.

“Nuestra mayor ganancia es el desarrollo de capacidades en los usuarios”

Esta es la satisfacción de Jorge Duitama con la realización de este foro virtual que ofrece frutos tangibles como el hecho de que la grabación de este encuentro queda disponible para la consulta de todos en internet, convirtiéndose a grandes rasgos en un tutorial, continuando así con el espíritu de contribución científica con que fue creado este software.

La aplicación de NGSEP ha sido también la fuente de motivación para que usuarios expertos y no expertos se capaciten en su uso, así como para que varios integrantes del equipo de bioinformática comiencen estudios de maestría y doctorado adquiriendo así más conocimientos para desarrollar nuevas y mejores herramientas.

Juan Fernando de la Hoz es uno de ellos, quien concluyendo su primer año de trabajo en el CIAT, participó como organizador y conferencista en este foro virtual. De esta experiencia, Juan Fernando resalta la importancia de poner en las manos de investigadores que no cuentan con mucho más que un computador, una herramienta gratuita y de código abierto como es NGSEP.

Entre los participantes había doctorados y posdoctorados que intervenían con preguntas y sugerencias concretas, con experiencia suficiente para incluso contestar las interrogantes que otros participantes lanzaban. Todos muy emocionados con la rapidez de NGSEP

Juan Fernando De la Hoz

Investigador, Bioinformática, CIAT

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